700 ปีก่อนเหตุการณ์ของ Ys ตอนที่ 1 และ 2 แดนแห่ง Ys อยู่ในอันตรายจากการถูกทำลาย ปีศาจมูลมหาศาลบุกรุกและบังคับให้เทพธิดาแฝดผู้ปกครองแผ่นดินให้พาประชาชนขึ้นสู่ท้องฟ้าเพื่อหนีภัยอันตราย แต่ปีศาจไม่ยอมแพ้ พวกเขาสร้างหอคอยยักษ์ขึ้นเพื่อไล่ตาม และการสงครามบนพื้นดินก็ได้ลุกลามขึ้นสู่ท้องฟ้าครั้งที่สอง วันหนึ่ง ท่ามกลางความวุ่นวายนี้ เทพธิดาทั้งสองหายตัวไปในค่ำคืน และสาบสูญไปจากแดน Ys ไปยังสถานที่เพียงแห่งเดียวเท่านั้น หอคอยของปีศาจ กองบัญชาการค้นหาประกอบด้วยอัศวินและพ่อมดถูกสร้างตั้งขึ้นอย่างรีบเร่งและส่งลงมายังพื้นผิวเพื่อค้นหาเทพธิดาผู้หลบหนี ในจำนวนสมาชิกนั้นมีอัศวินมือใหม่ยูนิก้า โทวาห์ และพ่อมดผู้มีปัญหา ฮิวโก แฟกต์ นี่คือเรื่องราวของพวกเขา หรืออย่างน้อยก็เป็นเรื่องที่พวกเขาจำได้ Ys Origin ยกระดับองค์ประกอบเกมเพลย์จากการตั้งปฏิฐานไว้แล้วให้สมบูรณ์แบบ ด้วยการเพิ่มสไตล์การเล่นที่แตกต่าง และฟีเจอร์ใหม่ที่ไม่เคยมีมาก่อนในจักรวาล Ys เกมนี้เป็นส่วนผสมที่สมบูรณ์ระหว่างการกระทำ